平成２７年３月３０日、本学と函館市は相互協力協定を交わしました。
地域福祉、環境問題、観光振興等１１項目の連携・協力を協定に盛り込んでいます。
本学はこの協定に基づき、函館市との連携を一層深め、地域の振興に貢献しています。

この相互協力協定１１項目は下記の通りです。

1. 地域づくりや地域の活性化に関すること
2. 地域福祉に関すること
3. 環境問題に関すること
4. 地域の国際化に関すること
5. 教育および文化・スポーツ・芸術の振興に関すること
6. 産学官の連携による地域産業の振興に関すること
7. 観光の振興に関すること
8. 食の振興に関すること
9. 地域防災に関すること
10. 施設の相互利用に関すること
11. その他両者が協議して必要と認める事項に関すること

平成２７年９月１８日、北海道中小企業家同友会函館支部、函館大学、函館短期大学は産業、文化、教育の発展に貢献することを目的とした包括連携協定を結んでいます。
同協定は中小企業の経営者が進路指導の職員や学生との交流を活発化させることによって、産学官の連携を高めて道南で働く人材を育成することを目的にしています。

平成２７年１０月２日に開設されたこの研究会は、アジアに向けた函館市の商品の販路拡大を行うために、市場調査及び商品開発を行い、函館の産業活性化に資することを目的としています。会員は、企業、学識経験者、研究機関、関係団体及び行政機関で構成されています。